中央構造線では、過去約７３００年の間に少なくとも５回、大地震が起きているという。最も新しいのが、別府湾の海底を震源とした１５９６年の「慶長豊後地震」。大分では、島が沈んだ瓜生島伝説もある。また、中央構造線近くの伊予（現在の愛媛県）、伏見（同京都府）でも数日間のうちに地震が発生したという記録が残っている。

　今後、中央構造線が広範囲に連動し、大地震を起こす可能性はあるのか。岡村特任教授は「どこにどのくらいの力がたまっているか、今の科学では分からない。影響する、しないは言えない」と話した。

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近世以前の地震

715年 三河国・遠江国 - M 6.5 - 7.5[22]

慶長伊予・豊後・伏見地震

「連動型地震」を参照

慶長伊予地震（慶長伊予国地震とも）は、1596年9月1日、愛媛の中央構造線・川上断層セグメント内（震源については諸説ある）で発生した。規模はM 7.0。さらに、3日後の9月4日には、豊予海峡を挟んで対岸の大分で慶長豊後地震（別府湾地震）(M 7.0 - 7.8)が発生。豊後地震の震源とされる別府湾－日出生断層帯は、中央構造線と連続あるいは交差している可能性がある[23]。さらにその翌日の9月5日、これらの地震に誘発されたと考えられる慶長伏見地震（慶長伏見大地震）(M 7.0 - 7.1)が京都で発生[24]。有馬－高槻断層帯、或いは六甲－淡路断層帯における地震とみられる[25]。

近世以降の地震

1619年（元和5年） 八代 - M 6.0[22]
1649年（慶安2年）3月13日 伊予灘 - M 7.0前後[21][22]
1703年（元禄16年） 大分県湯布院・庄内 - M 6.5[21][22]
1718年（元禄16年） 三河、伊那遠山谷 - M 7.0前後[21][22]
1723年（享保3年） 肥後 - M 6.5[22]
1725年（享保10年） 高遠・諏訪 - M6.0から6.5[21][22]
1889年（明治22年） 熊本 - M 6.3[22]
1894年（明治27年）1895年（明治28年） 阿蘇 - M 6.3[22]
1916年（大正5年） 新居浜付近 - M 5.7[22]
1916年（大正5年） 熊本県中部 - M 6.1[22]
1975年（昭和50年） 阿蘇北部 - M 6.1[22]
1975年（昭和50年） 大分県中部 - M 6.4[21][22]
2016年（平成28年） 2016年熊本地震 - M 7.3

中央構造線 - Wikipedia